教皇の間の死闘！の巻 黄金聖闘士随一の美貌を誇る魚座のアフロディーテとアンドレメダ瞬との死闘が白熱する最中、ついに星矢は教皇の間に辿り着く！しかしそこに待っていたのは過去に行方不明になっていた双子座の聖闘士だった…！その目的と理由とは…！？

沙羅双樹の下に…の巻 かつての黄金聖闘士三人を止めるべく、乙女座のシャカが全力を出し、何とか止めようとしていた！しかし、この三人でもってしても到底かなう相手では無い強さを見せたシャカだが、何故か禁じられた技、アテナエクスクラメーションを使用するように提案する…シャカの考えと、三人とシオンの本当の目的とは…！？

海底神殿！七本の柱の巻 海闘士によってアテナは海底にあるポセイドン神殿までさらわれてしまった！アテナの命が尽きたころには世界が海によって沈没してしまう！阻止するべく、星矢達はポセイドン神殿にある七本の柱を破壊しに行くが、そこには強敵、海闘士達が一人ずつ存在していた！

戴冠！！海皇ポセイドン！の巻 教皇のサガの奇行を止めた後、世界には再び平和が戻っていた。城戸沙織はジュリアン家のパーティーに招待され、頭領のソロと出会う。しかし、ソロは実は海皇ポセイドンの化身であった！新たにアテナを狙う海闘士達に星矢が立ち向かう！物語は新たなる章へ突入する！

目覚めよ！！エイトセンシズの巻 何故かアテナは自らの喉い短剣を突き刺し、死んでしまった！しかし、寝返ったと思われていたシオンの目的は、星矢達をエイトセンシズに目覚めさせ冥界へいかせ真のアテナの考えを星矢達に託すことだったのだ！星矢達は死んでいった仲間の想いを胸に、冥界へ行くのだった！

少年たちよ！女神を託すの巻 かつての師カミュによって氷づけにされた氷河を助け出した星矢達、その先に待ち受けるのは蠍座のミロ！強敵に立ち向かうミロの考えとは⁉そして、ついに十二宮に十二の黄金聖衣が揃う！今は無人の人馬宮にアイオロスが未来へと残したメッセージとは…！？

フェニックス！地獄よりの戦士の巻 黄金聖衣をバラバラにし、暗黒聖闘士と青銅聖闘士最強ともいわれる鳳凰の聖衣を持つフェニックス一輝が奪い去ってしまった！ペガサスの星矢、ドラゴン紫龍、キグナス氷河、アンドロメダ瞬は黄金聖衣奪還のために暗黒聖闘士が潜む拠点に忍び込むが…！？

復活！ハーデス百八の魔星の巻 海皇ポセイドンの脅威から数日がたち、五老星から封印の塔を監視し続けてきた天秤座の童虎がハーデスの復活を感知した…すでに、聖域には冥闘士となって甦ったデスマスクとアフロディーテ、そして味方であるはずのサガ、シュラ、カミュまでもが敵側に寝返り…！？

響け！女神の祈りの巻 神であるポセイドンに勝てることができないと思った瞬間、射手座の黄金聖衣が星矢に装着され、勝機が見えてきていた！目指すはアテナがとらわれているメインブレドウィナ！紫龍や氷河にも黄金聖衣が次々と装着されさらに有利になるが、海皇ポセイドンの恐ろしさはまだまだ続く…！

死闘！天馬対龍の巻 順調にトーナメントを勝ち進む星矢！しかし、次に待ち受けるのは強敵、龍座の紫龍だった！青銅聖闘士一を誇る龍の盾に星矢の攻撃は効かず、紫龍の必殺技、廬山昇竜破を受け続ける羽目に！ここから星矢とった逆転劇とは…！？